學(xué)校于1980年開始招收培養(yǎng)碩士研究,1986年獲碩士學(xué)位授予權(quán),到目前為止,共有碩士學(xué)科授權(quán)一級(jí)學(xué)科兩個(gè)，二級(jí)學(xué)科32個(gè)( 佳木斯大學(xué)授予碩士學(xué)位學(xué)科.專業(yè)目錄 )．按學(xué)科門類劃分，醫(yī)學(xué)20個(gè)，理學(xué)2個(gè)，工學(xué)7，文學(xué)2個(gè),法學(xué)1個(gè),現(xiàn)在校研究生620人.2000 年務(wù)院學(xué)位委員會(huì)批準(zhǔn)我校為"在職人員申請(qǐng)碩士學(xué)位授予權(quán)"單位及“臨床醫(yī)學(xué)專業(yè)碩士學(xué)位授予權(quán)”試點(diǎn)單位。現(xiàn)有省級(jí)重點(diǎn)學(xué)科4個(gè);研究生處具體負(fù)責(zé)研究生招生、業(yè)務(wù)培養(yǎng)、學(xué)生管理、學(xué)位授予和畢業(yè)派遣以及學(xué)科建設(shè)等工作。自 1996 年與日本高知醫(yī)科大學(xué)（現(xiàn)高知大學(xué))建立校際間友好關(guān)系，每年選派部分在讀研究生赴日留學(xué) 。
