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大型癌細(xì)胞系治療信息數(shù)據(jù)庫建立
Broad研究所治療科學(xué)中心宣布推出它的癌癥治療反應(yīng)門戶網(wǎng)——這一重要的資源將推動發(fā)現(xiàn)與患者群體相匹配的潛在癌癥藥物，使患者最大可能從中受益。這一門戶網(wǎng)站涵蓋了70,000個癌細(xì)胞系化合物敏感性和遺傳或譜系特征之間的聯(lián)系，將作為一個公共資源供世界各地的研究人員所用。研究人員可利用這一數(shù)據(jù)集來尋找不同癌癥類型可供利用的治療脆弱點。
Broad治療科學(xué)中心主任、Broad研究所核心成員Stuart Schreiber說：“治療科學(xué)中心的一個主要目標(biāo)就是革新治療發(fā)現(xiàn)基礎(chǔ)科學(xué)。我們將這一門戶網(wǎng)站視作是一個假說生成資源，它將加速發(fā)現(xiàn)靶向不同癌癥亞型的新型小分子療法。”
在發(fā)表于《細(xì)胞》（Cell)雜志上的新研究論文中，Schreiber和Broad研究所的同事對這一門戶網(wǎng)站進(jìn)行了描述，指出其中包含的信息是通過測量240種癌細(xì)胞系對于超過350種靶向細(xì)胞回路不同節(jié)點的化合物的反應(yīng)而獲得。這些細(xì)胞系來自許多不同種類的腫瘤，另一項稱作為癌細(xì)胞系百科全書（Cancer Cell Line Encyclopedia，CCLE)的互補(bǔ)研究已經(jīng)確定了這些細(xì)胞系的基因組特征。在美國國家癌癥研究所癌癥靶點發(fā)現(xiàn)和開發(fā)（CTD2)項目的支持下，CTRP充分利用了CCLE的公共數(shù)據(jù)，其中包含了有關(guān)每個癌細(xì)胞系突變、基因表達(dá)和其他基因組改變的信息醫(yī).學(xué)全.在.線網(wǎng)站jfsoft.net.cn。
Schreiber說：“CTRP和CCLE兩個項目顯著不同但又極好地互補(bǔ)。兩者都是處于早期發(fā)展階段。隨著每個資源中數(shù)據(jù)的數(shù)量和多樣性不斷地增長，我們預(yù)計匹配患者與潛在有效藥物的能力將會大大地提高�！�
Schreiber和同事們證明，研究中的這組化合物可以用來發(fā)現(xiàn)癌細(xì)胞系從前未檢測到的依賴性。隨著正常細(xì)胞一步步地變?yōu)榘┘?xì)胞，它會累積大量的促癌遺傳改變，使得細(xì)胞能夠不受控制地分裂和存活。此外，在癌癥形成的過程中，其他通常在細(xì)胞中發(fā)揮無害作用的基因有可能變得對癌癥生存至關(guān)重要。通過讓細(xì)胞系暴露于不同的化合物中，研究人員能夠揭示癌細(xì)胞生存所必需的蛋白質(zhì)，并有可能提供新的治療靶點。
Schreiber.說：“這些基因或許在癌癥早期階段沒有發(fā)揮內(nèi)在作用，但隨著癌細(xì)胞形成，它會收編一些正常的蛋白質(zhì)成為癌基因的伙伴。這就是我們真正想要揭露的：基因自身沒有被癌癥所改變，但卻與癌基因結(jié)合到了一起。這一門戶網(wǎng)站是揭示這些依賴性的一種好的途徑�！�
在他們的論文中，Schreiber和同事們描述了一個如何利用CTRP來發(fā)現(xiàn)候選依賴性的例子。研究小組發(fā)現(xiàn)一種在小細(xì)胞肺癌臨床試驗中測試的藥物navitoclax，或許能夠尤其有效地靶向帶有CTNNB1突變的癌細(xì)胞系。CTNNB1突變存在于一些大腸癌、肝細(xì)胞癌、胃癌和子宮內(nèi)膜癌中。這只是一個關(guān)于CTRP如何能夠幫助揭示有用生物標(biāo)記物的例子，利用生物標(biāo)記物可以預(yù)測藥物反應(yīng)和耐藥。除了發(fā)現(xiàn)已開發(fā)藥物的新用途，CTRP還可用于鑒別新的治療靶點。
Broad 研究所治療科學(xué)中心執(zhí)行主任Aly Shamji 說：“研究中的這組化合物中包含有35個FDA批準(zhǔn)的藥物和55個臨床候選藥物。確定這些化合物與譜系或遺傳特征之間的聯(lián)系，例如navitoclax與CTNNB1突變，提供了一些可很快在臨床上進(jìn)行探索的新假說�！�
Broad研究所團(tuán)隊將繼續(xù)用新的數(shù)據(jù)填充CTRP，擴(kuò)大這一資源，包括在更大量癌細(xì)胞系上解析化合物或化合物組合醫(yī).學(xué)全.在.線網(wǎng)站jfsoft.net.cn。
Broad 研究所化學(xué)生物學(xué)項目計算機(jī)化學(xué)生物學(xué)研究主任Paul Clemons 說：“我們正在收集新的小分子敏感數(shù)據(jù)，擴(kuò)大聯(lián)系的數(shù)量。我們也在開發(fā)其他的方法來分析數(shù)據(jù)并使之可視化，例如開發(fā)一些方法將小分子敏感性與細(xì)胞組合特征聯(lián)系起來�！�
