中醫(yī)基礎(chǔ)理論除在固有理論體系范疇內(nèi)不斷有所發(fā)展外，同時(shí)由于西醫(yī)學(xué)的傳入，為中醫(yī)學(xué)引進(jìn)了一個(gè)參照系統(tǒng)和競爭對手，在對人體與疾病的認(rèn)識方面吸收了部分西醫(yī)的觀點(diǎn)，一些新的概念或?qū)W說深入到人們思想中，例如生理、病理、解剖、診斷、細(xì)胞、組織、系統(tǒng)，以及神經(jīng)、循環(huán)、呼吸、消化、分泌、生殖等。在基礎(chǔ)理論方面出現(xiàn)了一批以“生理”、“病理”、“診斷”等命名的中醫(yī)書籍和教材。l9世紀(jì)末直至20世紀(jì)40年代，否定中醫(yī)主體文化、否定中醫(yī)學(xué)的思潮對中醫(yī)基本理論進(jìn)行了沖擊，中醫(yī)界奮起應(yīng)戰(zhàn)（詳見第五章第一節(jié))。通過論爭雙方對中醫(yī)基本理論的反復(fù)爭辨與深入探討，使中醫(yī)界對于自身有了較為清醒的審視，認(rèn)識到中西醫(yī)學(xué)文化基礎(chǔ)不同，出發(fā)點(diǎn)不同，方法不同，只能部分溝通，不能完全合并。中醫(yī)學(xué)術(shù)自成體系，它有自己的理論范疇、實(shí)踐經(jīng)驗(yàn)和療效證明，故始終有獨(dú)立存在的價(jià)值。論爭的結(jié)果，使中醫(yī)理論體系得到了一次較全面的整理和較科學(xué)的詮釋。
這一時(shí)期的脈學(xué)研究仍以祖述《內(nèi)經(jīng)》、《難經(jīng)》、《脈經(jīng)》、《傷寒論》等經(jīng)典著作的脈學(xué)原理，結(jié)合后世名家有價(jià)值的論述和研究者個(gè)人讀書臨證心得體會(huì)如以闡揚(yáng)和發(fā)揮為主要方式，出現(xiàn)了如周學(xué)海這樣對診斷學(xué)文獻(xiàn)進(jìn)行系統(tǒng)整理，全面總結(jié)，并對脈學(xué)理論深入研究做出貢獻(xiàn)的醫(yī)家及其《脈學(xué)四種》等較高水平的著作。
舌診是望診的重要內(nèi)容，在此期也不斷得到發(fā)展。
1920年曹炳章(赤電)撰有《彩圖辨舌指南》，本書有論有圖，有治法有醫(yī)案，兼列方藥，內(nèi)容較為完備。
一、中醫(yī)經(jīng)典著作的文獻(xiàn)研究
近代醫(yī)家在《內(nèi)經(jīng)》文獻(xiàn)學(xué)研究方面成績卓著，初期（清末民初)大多致力于經(jīng)典考證、�？�，而后期則側(cè)重于闡述經(jīng)義，并進(jìn)行系統(tǒng)的整理類編。
清末民初，在乾嘉考據(jù)學(xué)余緒影響下《內(nèi)經(jīng)》訓(xùn)詁研究興起。晚清經(jīng)學(xué)大師俞樾(號曲園，1821～1906)的《讀書余錄》，也涉及他讀《內(nèi)經(jīng)》的考據(jù)心得，后人將這部分內(nèi)容單獨(dú)抄錄，刊載于《三三醫(yī)書》，題名《內(nèi)經(jīng)辨言》(YuYue.Analysis and Explanation of Lutcmal Classic. In: Firstvolume of Three Three Mewww.med126.comdical Book:Haongzhou,1924.俞樾《內(nèi)經(jīng)辨言》（《三三醫(yī)書》第一集，1924年杭州排印)，胡澍撰《黃帝內(nèi)經(jīng)素問校義》(HuShu.Proofreading of Plain Questions of Yellow Emperor"sInternal Classic. In: Pan zhuyin,eds.16Th volume ofPangxizhai"s Collection: Wu County 1883.胡澍《黃帝內(nèi)經(jīng)素問校義》（吳縣潘祖蔭刻入《滂喜齋叢書》，第16期)，清光緒九年（1883年)蛟仁二位堂刻本)。顧現(xiàn)光撰寫《素問�？庇洝�、《靈樞�？庇洝�。樸學(xué)大師孫詒讓(1848～1908)，在前述俞氏、胡氏、顧氏之后，再度校《素問》，著有《素問王冰注�！芬痪恚⊿unyirang. Annolation and Proofreading of Plain Questionsby WangBing, printed by sun in Rui’an in1894.孫詒讓《素問王冰注校》（《禮》卷11)，清光緒二十年（1894年)瑞安孫氏刻本)。
馮承熙在《素問懸解》(清同光年間陽源馮氏本)重刻時(shí)，于書末附有《校余偶記》1卷（Feng ChengxiNojfsoft.net.cn/pharm/tes of Proofreading Work In Explanation of suspensesin Plain Questions,1872.馮承熙《校余偶識》（附《素問懸解》后)，清同治十一年至光緒六年（1872年-1880年)刻本)，計(jì)收錄其�？毙牡�90余條。近代在《內(nèi)經(jīng)》訓(xùn)詁方面碩果累累。
民國時(shí)期，由于中西醫(yī)論爭激烈，《內(nèi)經(jīng)》研究已不再停留于訓(xùn)詁詮釋，而是闡明《內(nèi)經(jīng)》的學(xué)術(shù)價(jià)值，旨在捍衛(wèi)中醫(yī)理論體系。惲鐵樵的《群經(jīng)見智錄》和楊則民的《內(nèi)經(jīng)哲學(xué)之檢討》是這類研究工作的代表作。唐容川的《中西匯通醫(yī)經(jīng)精義》，是以藏象學(xué)說為主體，以西醫(yī)解剖知識作為經(jīng)文注腳，近代大多數(shù)醫(yī)家則傾向于仿照科學(xué)體例框架，參考西醫(yī)學(xué)科體例設(shè)計(jì)中醫(yī)學(xué)校教程，以新的思路纂輯《內(nèi)經(jīng)》。
《時(shí)氏內(nèi)經(jīng)學(xué)》與《秦氏內(nèi)經(jīng)學(xué)》是民國時(shí)期盛行的《內(nèi)經(jīng)》研究著作秦伯未致力于《內(nèi)經(jīng)》研究歷經(jīng)數(shù)十年，早年曾有《內(nèi)經(jīng)》訓(xùn)詁之作——《讀內(nèi)經(jīng)記》，后撰成《內(nèi)經(jīng)病機(jī)十九條研究》。秦氏又著《內(nèi)經(jīng)類證》（1929年)，將《素問》、《靈樞》中有關(guān)敘述病證的經(jīng)文摘出，共整理得《內(nèi)經(jīng)》所記載病類44種和病侯311種，并對摘錄的文獻(xiàn)進(jìn)行分類編纂，在文獻(xiàn)學(xué)與研究方法上較明張介賓《類經(jīng)》更為深入。最后于1934年完成《秦氏內(nèi)經(jīng)學(xué)》。
綜上所述，近代在《內(nèi)經(jīng)》文獻(xiàn)研究方面不僅成績卓著，而且頗具時(shí)代氣息，不僅論著數(shù)量多，研究深度廣度超出前代，而且研究方法與風(fēng)格亦與前人迥然不同。前期在乾嘉余緒影響下，進(jìn)行了大量的《內(nèi)經(jīng)》訓(xùn)詁，前所未有；而后期受西學(xué)影響，在《內(nèi)經(jīng)》文獻(xiàn)類編上形成奇特的框架。諸多學(xué)術(shù)因素為《內(nèi)經(jīng)》研究在方法論方面增添了新的活力，使得近代《內(nèi)經(jīng)》研究頗具特色
二、叢書、工具書的編寫
近代由于西學(xué)東漸，在醫(yī)學(xué)領(lǐng)域，除了繼承前代繼續(xù)匯集列刻經(jīng)典醫(yī)籍和匯刻經(jīng)過精校、評注的典籍外，以匯刻臨床實(shí)用醫(yī)書和醫(yī)學(xué)入門讀物成為主流。中西醫(yī)書的合刻及匯通醫(yī)學(xué)公書的出現(xiàn)，是這一時(shí)期叢書領(lǐng)域的特點(diǎn)。醫(yī)學(xué)工具書在這一時(shí)期有較大的發(fā)展，不僅首次出現(xiàn)了辭典類著作，而且各種書目在此對期得到了突飛猛進(jìn)的發(fā)展，為現(xiàn)代醫(yī)學(xué)辭典類著作和各種工具書的編寫奠定了基礎(chǔ)。據(jù)《中醫(yī)圖書聯(lián)合目錄》（1960年)所載，這一時(shí)期的醫(yī)學(xué)叢書約有135部，辭典類著作約14部，書目類著作約34部。
三、醫(yī)學(xué)史研究
陳邦賢著《中國醫(yī)學(xué)史》為中國第一部醫(yī)學(xué)通史，我國系統(tǒng)研究醫(yī)學(xué)史著作之濫觴。伍連德稱其為“空前之杰作矣�！�(ChenBangxian. Preface of the first edition of ChineseMedical History. Shanghai Medical PublishingHouse,1920.陳邦賢：《中國醫(yī)學(xué)史》第1版序，上海醫(yī)學(xué)書局l920年)，作者認(rèn)為一人學(xué)識有限，為了集思廣益，倡建“醫(yī)史研究會(huì)”（Chen Bangxian Regulations of the Research society ofMedieal Histoy J Tradi Chin 8 West Med,1914,10thissue.《醫(yī)史研究會(huì)章程》刊于《中西醫(yī)學(xué)報(bào)》l914年5月，第4年合訂本第10期)，“邀我邦諸友，入會(huì)磋磨”，共同修改補(bǔ)充。參與討論的研究會(huì)成員中不乏醫(yī)界名流，如余伯陶先生，他是神州醫(yī)藥總會(huì)會(huì)長，陳氏書中記載民國初年中醫(yī)界為興辦教育開展請?jiān)缚範(fàn)幹�，余先生正是這次請?jiān)富顒?dòng)的組織者，可見這一節(jié)記載翔實(shí)可信，是來源于當(dāng)事者的第一手資料。這部專著內(nèi)容豐富，給后人留下許多可貴的史料。
近代我國另一部重要的醫(yī)學(xué)史著件，是王吉民、伍連德合作撰寫的《History of ChineseMediecine(中國醫(yī)史，英文)》。伍連德，王吉民是中華醫(yī)史學(xué)會(huì)的創(chuàng)始人。此書在近代西洋醫(yī)學(xué)傳入中國的歷史進(jìn)程方面，記述甚詳，內(nèi)容豐富，書中引用了大量的第一手資料（如教會(huì)、海關(guān)中有關(guān)資料)，對西醫(yī)在我國逐步成長的歷史作了翔實(shí)記載。
近代較晚年代的醫(yī)史著作，有李濤的《醫(yī)學(xué)史綱》，陳邦資《中國醫(yī)學(xué)史》，王吉民、伍德《中國醫(yī)史（英文)》和李濤《醫(yī)學(xué)史紉》等三部著作，是中國近代具有代表性的醫(yī)學(xué)史研究成果。
在中國醫(yī)藥發(fā)展史研究方面，隨著興辦中醫(yī)教育，在各院校教材的基礎(chǔ)上，產(chǎn)生出幾部醫(yī)史著作。謝觀(利恒)《中國醫(yī)學(xué)源流論》(1935年)是一部中醫(yī)史佳作。
近代我國醫(yī)史界在開拓疾病史研究方面成績卓著。
博物館在我國作為一種獨(dú)立的文化機(jī)構(gòu)發(fā)軔于近代。1938年中國醫(yī)史博物館正式成立，王吉民任館長，該館是我國最早的醫(yī)史專業(yè)博物館。
