根據國家科教領導小組1998年6月9日原則通過的中國科學院《知識創(chuàng)新工程試點的匯報提綱》，中國科學院決定組建8個研究基地, 其中之一就是
上海生命科學研究院。
上海生命科學研究院是原在上海的中國科學院8個生命科學研究所和2個研究中心的基礎上組建而成的。這些研究所和中心是：上海生物化學研究所、上海細胞生物學研究所、上海植物生理研究所、上海藥物研究所、上海生理研究所、神經科學研究所、上海昆蟲研究所和上海生物工程研究中心，上海生命科學研究中心和國家基因研究中心。這些研究單位共有科學技術和管理人員1900人左右，其中有研究員178人，中國科學院和中國工程院院士26人。
上海生命科學研究院將圍繞國家戰(zhàn)略目標和國際科技前沿，研究當代生命科學重大前沿課題；發(fā)展生物技術、創(chuàng)新藥物和現代農業(yè)技術研究；培養(yǎng)和造就一批高素質、有創(chuàng)新意識的優(yōu)秀年輕學科帶頭人和科研骨干。
上海生命科學研究院的目標是建設成為具有國際先進水平的生命科學研究基地，促進生物技術、創(chuàng)新藥物、現代農業(yè)技術等高技術產業(yè)發(fā)展的基地，以及這些學科領域的高級人才訓練和培養(yǎng)的基地。
上海生命科學研究院當前工作的重點是根據國家戰(zhàn)略目標、國家需要和任務，組織重大研究項目；深入進行基礎研究，把生命科學一些重要前沿領域的研究推向國際水平；開拓生物技術、藥物創(chuàng)新和現代農業(yè)技術研究和開發(fā)的新局面; 深化研究所的科研管理體制改革和結構調整。力爭在近期內取得若干具有國際影響的重要成果，為我國的知識創(chuàng)新提供科技儲備。
上海生命科學研究院將加強上海各生物研究單位的合作、聯合與整合，突出學科發(fā)展重點，促進各學科的交叉滲透，發(fā)揮生命科學與生物技術基礎研究與應用開發(fā)的綜合優(yōu)勢；同時，要深化體制改革和結構調整，建立與國際接軌的科研管理機制和科技成果的轉化機制，集中原各單位的行政和后勤管理職能，精干管理隊伍，提高科學服務和管理水平，最終形成有利于知識和技術創(chuàng)新的體系。
根據生命科學發(fā)展的趨勢、我國社會經濟發(fā)展的需求以及上海生命科學研究的現有基礎，上海生命科學研究院將組織和綜合各研究所的優(yōu)勢力量，作前瞻性布局，在以下重點領域進行研究：
基因組、蛋白質組與染色體組的研究，包括水稻基因組和人類基因組的研究。要保持水稻基因組研究的良好勢頭，在人類基因組研究上確定有戰(zhàn)略意義的有限目標，取得有特色的成果。要努力使基因組和蛋白質組的研究的成果促進生命科學的全面發(fā)展和促進基因資源的開發(fā)利用，為農作物的高產優(yōu)質育種和人類重要疾病的防治作貢獻。
生物大分子結構與功能是各種生命現象和生命科學各學科的基礎。蛋白質的化學結構和空間結構的闡明及其與生物功能的相互關系的研究將為認識生命的本質、推進生物技術的創(chuàng)新研究與新藥的篩選和創(chuàng)制，以及改善疾病的診斷與防治手段等提供重要信息。
細胞發(fā)育和凋亡的分子機制，動植物發(fā)育的遺傳基礎與分子基礎的研究，不僅屬于生命科學的基本問題，而且和農業(yè)、畜牧業(yè)、醫(yī)學都有極密切的關系。細胞凋亡機理的研究是近年來生命科學研究的熱點之一，更需要大力發(fā)展。
神經生物學研究，綜合了現代生物學及物理、數學等學科的發(fā)展成果，正孕育著巨大的革命性進展。我們將重點研究對認識大腦的奧秘和增進人類健康有重要意義的課題，主要是腦發(fā)育和腦功能的分子和細胞機制，也將研究重要的腦疾病如老年性
癡呆和巴金森氏癥等的發(fā)病機制及其防治。
創(chuàng)新藥物的現代理論、應用基礎和臨床前研究。以防治我國重要疾病的國家需求為目標，以生物活性物質的結構、活性和兩者關系為重點，開展合成和天然產物化學、分子和細胞
藥理學、毒理學等研究，為實現我國藥物研究和醫(yī)藥產業(yè)從仿制為主向創(chuàng)新為主的歷史性轉變作出貢獻。
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