中國醫(yī)學科學院基礎(chǔ)醫(yī)學研究所、北京協(xié)和醫(yī)學院基礎(chǔ)學院（以下簡稱所院)成立于1978年，其前身為1958年成立的中國醫(yī)學科學院實驗醫(yī)學研究所和1921年建立的北京協(xié)和醫(yī)學院基礎(chǔ)醫(yī)學系。所（院)現(xiàn)有中國科學院院士3人，中國工程院院士3人，長江學者特聘教授4名，國家杰出青年基金獲得者10名，正副教授93名。所（院)以學科建設(shè)為基礎(chǔ)jfsoft.net.cn，重視科研發(fā)展與人才培養(yǎng)。現(xiàn)有14個學系和一個對國內(nèi)外開放的醫(yī)學分子生物學國家重點實驗室，承擔著科研和教學兩大任務(wù)。
在科研方面，重點強調(diào)疾病相關(guān)基因的功能基因組、基因表達調(diào)控、蛋白質(zhì)組學、分子免疫以及醫(yī)學遺傳等方面的基礎(chǔ)研究以及與臨床相結(jié)合的轉(zhuǎn)化醫(yī)學研究。試圖從分子、細胞、組織、器官到整體水平，從基礎(chǔ)到臨床，以系統(tǒng)整合生物學的思維方式及可能的方法，探討疾病發(fā)生、發(fā)展的規(guī)律，為制定適合我國國情的重大疾病的早期預(yù)警和干預(yù)策略，以及防治方案提供科學依據(jù)。
目前承擔著國家重點基礎(chǔ)研究發(fā)展計劃（973)、重大科學研究計劃、國家高技術(shù)研究發(fā)展計劃（863)、科技支撐計劃及國家自然科學基金重大、重點、創(chuàng)新研究群體、杰出青年基金、教育部/外國專家局創(chuàng)新引智計劃等100多項國家級科研項目。“十五”以來共發(fā)表科研論文1000多篇，其中在國際著名的Nature、Nat Med、Nat Genet、PNAS、Blood、Circulation、JCI、Cancer Res、JBC、NAR、MCP、Am J Hum Genet等雜志上發(fā)表了多篇學術(shù)論文。獲得國家自然科學二等獎1項、中華醫(yī)學科技一等獎3項、二等獎1項、高等學�？茖W技術(shù)一、二等獎各一項、北京市科技進步一、二等獎各1項。“十五”以來到位科研經(jīng)費逐年遞增。
教學方面承擔著北京協(xié)和醫(yī)學院八年制醫(yī)學本科生和碩、博士研究生的教學任務(wù)，是國家首批批準的博士學位和碩士學位授予單位，現(xiàn)有博士生導(dǎo)師48名，碩士生導(dǎo)師31名，在讀研究生400多人，并建立了基礎(chǔ)醫(yī)學博士后流動站。生物學（生化及分子生物學、細胞生物學、遺傳學、生物物理學)成為國家級一級重點學科；藥理學、免疫學和病理-病理生理學為國家級二級重點學科。
在科技部、衛(wèi)生部的領(lǐng)導(dǎo)和支持下，所（院)建立了先進的實驗技術(shù)支撐條件和良好的學術(shù)環(huán)境。儀器中心擁有最先進的生命科學實驗儀器和設(shè)備jfsoft.net.cn，通過了“中國實驗室國家認可委員會”審查，獲得國家實驗室認可，可為在分子和細胞水平上進行一系列樣品制備、純化、分析、檢測和鑒定等實驗提供系統(tǒng)的技術(shù)支持�；A(chǔ)醫(yī)學細胞中心為國內(nèi)外醫(yī)學研究提供規(guī)范的細胞株和細胞培養(yǎng)服務(wù)。所（院)還擁有達到SPF級的實驗動物中心。最近為進一步加強轉(zhuǎn)化醫(yī)學研究基礎(chǔ)所成立了組織病理中心。中國醫(yī)學科學院蛋白質(zhì)組學研究中心、組織工程研究中心和納米生物醫(yī)學聯(lián)合研究中心也掛靠在所（院)。
