北京大學藥學院是全國重點藥學院（系)之一，也是國家最早建立的高等藥學院校之一，其前身是北京大學中藥研究所，始建于1941年。在此基礎上，1943年建立北京大學醫(yī)學院藥學系；1952年醫(yī)學院獨立建院，隨之改名為北京醫(yī)學院藥學系；1985年隨學校更名為北京醫(yī)科大學藥學院；2000年4月更名為北京大學藥學院。曾設本草、制藥、藥學、藥檢、藥物化學、生藥學、應用化學（醫(yī)藥)、藥理學等專業(yè)，現(xiàn)設藥學（六年制)、應用藥學（四年制)二個專業(yè)。藥學專業(yè)于2007、2008年被批準為國家級、北京市級高等學校特色專業(yè)建設點，于2008年被批準為“國家理科基礎科學研究和教學人才培養(yǎng)基地”（簡稱理科基地)藥學專業(yè)點。北京大學藥學院是一個以培養(yǎng)研究型人才為目標的藥學院。
藥學院走過了半個多世紀的歷程，在學科建設、師資培養(yǎng)、教學、科研等方面都得到巨大的發(fā)展。曾培養(yǎng)出一大批科學家jfsoft.net.cn，是國內(nèi)外藥學科學家培養(yǎng)的搖籃。至今藥學院已有四名教授遴選院士，其中王序教授、王夔教授、張禮和教授為中國科學院院士，樓之岑教授為中國工程院院士。
1945年劉思職教授任系主任，1946年薛愚教授任系主任，1958年王序教授任系主任，1983年王夔教授任系主任，1985年學校更名后王夔教授任院長；1988年張禮和教授任院長。1999年彭師奇教授任院長；2004年劉俊義教授任常務副院長；2005年劉俊義教授任院長。
藥學院由六系（化學生物學系，藥物化學系，天然藥物學系，藥劑學系，分子與細胞藥理學系，藥事管理與臨床藥學系)、一室（天然藥物及仿生藥物國家重點實驗室)、一所（應用藥物研究所)、一中心（藥學實驗教學中心)組成。下設四個委員會：教學委員會、學術委員會、藥物研究與開發(fā)委員會、對外合作交流委員會。
學院擁有一個首批進入“211工程”的現(xiàn)代藥學與新藥研究學科群，三個國家重點學科即藥物化學、生藥學及藥理學科。藥學學科于2007年被認定為國家一級重點學科，是藥學博士后流動站和“大藥學”博士點，學院各二級學科均可招收博士生。學院現(xiàn)有7個碩士點、博士點即藥物化學、生藥學、藥理學、藥劑學、藥物分析學、化學生物學、臨床藥學。學院在校各類學生1561人jfsoft.net.cn，其中博士研究生163人、統(tǒng)招碩士研究生152人、在職申請學位研究生40人，六年制本碩連讀學生593人，四年制本科學生37人，成人教育專升本、專科學生576人。
學院注重師資隊伍的建設工作，逐漸形成了一支以學識淵博、治學嚴謹?shù)膶＜覍W者為核心的師資隊伍，其中包括中國科學院院士2名，973首席科學家3名，“長江學者獎勵計劃”特聘教授2名，杰出青年基金獲得者4名，教育部跨世紀（新世紀)人才10名，教育部創(chuàng)新團隊3 個，全國優(yōu)秀教師1名，北京市教學名師2名，北京市優(yōu)秀教師8名。學院現(xiàn)有在職職工180名，其中教授（研究員)38名、副教授（副研究員)41名，博士生導師31名、碩士生導師51名，具有博士學位的教師88名，占專任教師總數(shù)的68%，具有碩士學位的教師32名，占專任教師總數(shù)的25%。
學院以創(chuàng)建一流大學為目標，進一步轉(zhuǎn)變教育教學思想，更新“教與學”的觀念，狠抓教育質(zhì)量。學院為適應高等教育教學改革的發(fā)展和社會對高層次藥學人才的需求，2001年經(jīng)教育部批準，北京大學藥學院在國內(nèi)率先以大藥學一級學科招收六年制學—碩連讀學生，探索研究型藥學人才培養(yǎng)的全新模式，學院提出并實踐了藥學專業(yè)六年一貫制、學—碩融通的研究型創(chuàng)新人才的培養(yǎng)模式，在課程體系、教學內(nèi)容、教學組織形式、實踐環(huán)節(jié)、學生思想建設等方面都進行了改革與創(chuàng)新，突破了舊有的模式，在教育教學上取得了顯著成績。近年來獲國家級教學成果二等獎1項、北京市教學成果一等獎2項、北京市教學成果二等獎1項、教育部“全國普通高等學校優(yōu)秀教材”二等獎1項、全國高等學校醫(yī)藥優(yōu)秀教材二等獎1項jfsoft.net.cn，有6部教材被評為北京市高等教育精品教材，有1門課程被評為國家級精品課程；藥學實驗教學中心被評為北京市高等學校實驗教學示范中心；承擔教育部新世紀高等教育教學改革工程項目1項、教育部世行貸款21世紀初高等教育教學改革項目醫(yī)藥類項目1項、國家“十五”重點立項課題子項目5項、中國高等教育學會‘十一五’教育科學研究規(guī)劃課題5項、中國高等教育學會醫(yī)學教育專業(yè)委員會藥學教育研究會立項課題6項、北京市創(chuàng)新性實驗計劃1項、教育部創(chuàng)新性實驗計劃4項，并于2008年獲準國家基礎科學人才培養(yǎng)基金能力提高項目的資助。
