學(xué)院現(xiàn)有國家級精品課程9門，北京市級精品課程10門；2005年和2009年分別有兩項教學(xué)成果和一項教學(xué)成果獲國家級教學(xué)成果二等獎、北京市一等獎；2010年學(xué)院被評為”北京市模范集體；2006年和2008年生物醫(yī)學(xué)實驗教學(xué)中心分別被評為“北京市高等學(xué)校實驗教學(xué)示范中心”和“國家級高等學(xué)校實驗教學(xué)示范中心”； 2007年、2008年和2010年病理學(xué)、免疫學(xué)及人體解剖學(xué)分別被評為“教育部雙語教學(xué)示范課程”；2007年和2010年“生理學(xué)科創(chuàng)新人才培養(yǎng)教學(xué)團隊”被評為北京市優(yōu)秀教學(xué)團隊及國家級教學(xué)團隊，2009年“生物化學(xué)與分子生物學(xué)學(xué)科創(chuàng)新人才培養(yǎng)教學(xué)團隊” 被評為北京市級優(yōu)秀教學(xué)團隊及國家級教學(xué)團隊； 2008年“基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)”專業(yè)被評為北京市特色專業(yè)；有5人獲北京市教學(xué)名師獎,2011年有1人獲寶鋼教育基金會優(yōu)秀教師特等獎。
在科研方面，學(xué)院主要從事生物醫(yī)學(xué)領(lǐng)域的基礎(chǔ)及應(yīng)用基礎(chǔ)研究，擁有雄厚的科學(xué)研究綜合實力。2000年-2011年獲得各類科技成果獎103項。其中國家自然科學(xué)獎2項、部委和北京市科技進步獎29項、國家及國際發(fā)明專利50項、其他科技成果獎36項；2005年-2011年發(fā)表科研論文2218篇，SCI收錄刊物發(fā)表論文1179篇，包括《Cell》、《Nature》、《Nature Cell Biology》和《Nature Neuroscience》等。2005年-2011年承擔(dān)各類科研課題（科技項目)757項，共獲科研經(jīng)費約53887萬元。其中承擔(dān)“973和國家重大科學(xué)研究計劃”項目28項，資助經(jīng)費合計8746萬元；承擔(dān)“863計劃”項目15項，批準(zhǔn)經(jīng)費合計5487萬元；承擔(dān)“國家科技重大專項”課題8項jfsoft.net.cn，資助經(jīng)費合計5523萬元；獲得國家自然科學(xué)基金項目224項，資助經(jīng)費合計15677萬元；獲得教育部科學(xué)基金項目115項，資助經(jīng)費合計3790萬元；獲得北京市科技項目65項，資助經(jīng)費合計1998萬元。
學(xué)院近年來逐漸加強生物技術(shù)和醫(yī)藥產(chǎn)品的研究開發(fā)及與國內(nèi)外大型醫(yī)藥企業(yè)的合作，在科技開發(fā)工作中也取得一些重大進展。在基因工程藥物、腫瘤的免疫治療、自身免疫病治療jfsoft.net.cn、心血管疾病的基因治療、干細胞治療神經(jīng)系統(tǒng)退行性疾病和角膜疾病、診斷試劑研制等領(lǐng)域，一批新開發(fā)項目已取得動物實驗或臨床試用的良好效果，具有很好的應(yīng)用前景。
學(xué)院還十分重視國際間的交流與合作，注重借鑒世界先進的醫(yī)學(xué)研究成果和教學(xué)經(jīng)驗，不斷提高自身整體辦學(xué)水平。已與幾十所世界一流醫(yī)學(xué)院校和科研機構(gòu)開展了項目合作研究、人員交流、合作舉辦國際會議等多種形式的合作交流，建立了廣泛的深層次聯(lián)系。
歷經(jīng)50年的發(fā)展歷程，現(xiàn)在的北京大學(xué)基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院已成為國內(nèi)著名的、以發(fā)展多層次基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)教育、研究人類生命科學(xué)和防治疾病的基礎(chǔ)理論為主要目標(biāo)的教學(xué)科研中心之一，是國家基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)領(lǐng)域高級專門人才的培訓(xùn)基地之一。
