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學(xué)校于1980年開始招收培養(yǎng)碩士研究,1986年獲碩士學(xué)位授予權(quán),到目前為止,共有碩士學(xué)科授權(quán)一級學(xué)科兩個，二級學(xué)科32個( 佳木斯大學(xué)授予碩士學(xué)位學(xué)科.專業(yè)目錄 )．按學(xué)科門類劃分，醫(yī)學(xué)20個，理學(xué)2個，工學(xué)7，文學(xué)2個,法學(xué)1個,現(xiàn)在校研究生620人.2000 年務(wù)院學(xué)位委員會批準(zhǔn)我校為"在職人員申請碩士學(xué)位授予權(quán)"單位及“臨床醫(yī)學(xué)專業(yè)碩士學(xué)位授予權(quán)”試點單位�，F(xiàn)有省級重點學(xué)科4個;研究生處具體負(fù)責(zé)研究生招生、業(yè)務(wù)培養(yǎng)、學(xué)生管理、學(xué)位授予和畢業(yè)派遣以及學(xué)科建設(shè)等工作。自 1996 年與日本高知醫(yī)科大學(xué)（現(xiàn)高知大學(xué)）建立校際間友好關(guān)系，每年選派部分在讀研究生赴日留學(xué) 。
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